Если кондиционер, исходя из наружной температуры, включился, то это будет обязательно сопровождаться включением вентилятора радиатора. Откройте капот, заведите машину, активируйте кондиционер и начните диагностику с состояния вентилятора: загрязнение лопастей, ведущее к дисбалансу, люфт и подклинивание крыльчатки...
А вообще-то шум вентилятора при включении кондиционера есть всегда. Шум стал другим?