Однозначно должно получиться.. Слияние нескольких csv файлов с одинаковой схемой полей = одному csv файлу. Вопрос тут больше в предельном размере csv файла, который может NC прочитать и переварить. Возможно ограничение именно по размеру. Если разрабы линуксового ПО для NC сделали чтение построчное - тогда проблем не будет, если весь файл читают в ОЗУ а потом обрабатывают - тогда можно ожидать чего угодно
P.S.:а вообще никто не напарывался на исходные коды NC? Довольно увесистая часть там OpenSource на базе GNU Linux с кучей опять же открытых библиотек... Можно сильно "разгуляться" и кастомизировать и добавить ПО. Прошивку бы в любом виде поковырять...